对沙门氏菌感染，应该早做出确定性诊断，不只是为了有针对性进行洽疗，而且还可做好隔离，防止感染的传播。临床表现典型者，基本上可做出诊断。但由于“同病异症”、“异病同症”现象的存在，需找到有关沙门氏菌感染的依据，才能真正确诊。在有关沙门氏菌感染的依据中，最有价值的莫过于找到有关的沙门氏菌，这样即可确诊。

诊断沙门氏菌感染的旁证，包括流行病学和外周血白细胞的检查。流行病学方面指的是恰于该病的流行季节；与该病患者有过密切接确；有不洁饭食史；未接种过有关菌苗，以及患儿的以病年龄等。外周血白细胞检查，包括总数和分类。绝大多数细菌感染时，白细胞的总数增高，分类中，中性粒细胞增高；病毒感染时，白细胞总数减低，分类中淋巴细胞增高。而沙门氏菌感染属细菌感染，白细胞总数却减低（鼠伤寒可增高），分类中中性粒细胞增高。

特异检查，也就是病原学检查，所检查的结果具有决定性价值。细菌培养是常采用的一种检测手段。常做的血培养，目的是从血液中找到细菌，一般在发病早期，阳性率高。用过抗生素后，阳性率会降低。因为细菌也可从尿和粪便中排出，所以也可做尿和粪便培养，病后第二、三周阳性率高。咽部分泌物培养，有时也可得到阳性结果，但一定要在早期。近些年来，所在进行的免疫学检查，是检测血液中的抗原和抗体，前者早期出现，后者在疾病的后期（第二周后）出现。

现在临床仍在应用的免疫学检查为肥达氏反应，可测定抗体，用于伤寒和副伤寒的诊断和鉴别。第一周末出现阳性，持续4-8周，以第三、四周阳性率高。第一次为阴性，并不能否定伤寒或副伤寒的诊断，应继续做第二次，甚至第三次。但有时可以出现假阳性或假阴性，假阳性见于曾在半年或一年以前得过伤寒或副伤寒病，或接种过伤寒副伤寒菌苗者，以及某些发热病、寄生虫病时。有时根据阳性的滴定度高低可作参考。真阳性滴定度明显增高，假阳性仅为滴定度轻度增高。假阴性有以下可能：检查过早，患儿免疫反应差；或有免疫缺陷以及正在应用激素或其他免疫抑制利者。